万花谷是剑三中一个以医术闻名的门派，其弟子擅长使用毒药和暗器。在浩气盟与恶人谷的斗争中，万花谷因其独特的医术而成为了双方的争夺对象。浩气盟为了得到万花谷的帮助，不惜以武力相逼，而恶人谷为了阻止万花谷落入浩气盟之手，也对万花谷发起了攻击。在双方的争夺中，万花谷伤亡惨重，仅剩掌门和寥寥数人。